隨著日本LINE與Yahoo Japan合併，雙方重疊的業務也開始進行調整，其中在日本已經推出10年的LINE Pay將在2025年4月30日停止服務，未來LINE Yahoo集團的金流相關業務將由同樣隸屬軟體銀行的PayPay承接；不過由於台灣與泰國的LINE Pay原本就與日本版LINE Pay只有名稱相同但並未串接，故屆時台灣仍將持續提供LINE Pay支付服務。
▲台灣LINE Pay屬於同名但不同的服務，故不受日本LINE Pay終止服務影響
雖然LINE Pay推出的時間遠長於PayPay，不過由於功能大量重疊，在軟體銀行集團策略考量下決定犧牲LINE Pay，未來由PayPay作為LINE Yahoo旗下的金流支付服務，值得注意的是由於不是服務整合而是終止LINE Pay服務，屆時既有日本LINE Pay用戶並非無縫轉移至PayPay，而是開放消費者申請餘額轉移到自身的PayPay帳號，須持有PayPay帳號才能申請餘額轉移。
依據LINE Pay日本官方的計劃，2024年9月初將會先停止餘額扣款功能，202411月下旬不再接受帳戶申請，2024年11月下旬終止LINE Pay應用程式，2025年1月下旬停用Visa LINE Pay預付卡、智慧手機註冊Touch Pay、線上支付，2025年4月全面終止相關服務。
